RFCで規定されているURIスキームの一覧が、URI scheme – Wikipedia, the free encyclopediaに載っています。
このURIスキームのうち一番の有名なものを言えば「http://」でしょうか。他にもtelスキームがあり、Windows Mobileの場合は電話アプリに電話番号を渡します（例：“TEL:” スキームを使用した発呼）
カスタムプロトコルを追加する方法について記載しているページをご紹介します。
http://d.hatena.ne.jp/iseebi/20100405/p1
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa767914%28VS.85%29.aspx
http://stackoverflow.com/questions/4107382/trying-to-register-an-url-schema-custom-protocol-in-windows-mobile-6-1-with-no
この技はデスクトップ版のWindowsでも使えるようです。
